I 1893 erhvervede den danske stat arealerne Vognmandsmarken og Ryvangen til kaserne og øvelsesterræn for ingeniørregimentet. Der blev opført barakker i området samt bygningsanlæg til det, vi dag kender som Svanemøllens Kaserne.
Da Danmark blev besat 9. april 1940 besluttede den daværende danske regering at indstille kampene og indgå et uvilligt samarbejde med den tyske besættelsesmagt.
Samarbejdet mellem Danmark og Tyskland brød sammen 29. august 1943. I forlængelse af bruddet overfaldt den tyske værnemagt Ingeniørkasernens øvelsesterræn i de tidlige morgentimer. Det kom til kampe, men det var umuligt for de få danske ingeniørtropper, der forrettede tjeneste på stedet, at gøre nævneværdig modstand. I den følgende periode fra 1943 til 1945 anvendte den tyske besættelsesmagt området som henrettelses- og begravelsesplads for danske modstandsfolk.
Det fulde billede af begivenhederne på stedet stod først klart for offentligheden ved befrielsen i maj 1945, da man fandt ligene af i alt 202 individer på øvelsesterrænet. De blev gravet op i løbet af sommermånederne. Alle på nær én blev nøje identificeret på Retsmedicinsk Institut, og familierne underrettet.
Langt hovedparten af de 202 opgravede personer var modstandsfolk, men man fandt også et mindre antal civile, en tysk marine soldat, et eks-medlem af Danmarks Nationalsocialistiske Arbejderparti (DNSAP) samt et par SS-frivillige danskere.
Videoklip optaget kort efter befrielsen i 1945 med speak af Gunnar Nu Hansen.
Det besluttedes allerede i maj 1945, at området skulle indrettes som et minde over de faldne modstandsfolk og civile, som blev fundet nedgravet under uværdige former på øvelsesterrænet. Det var kirkeministeren, modstandsmanden og medlem af Danmarks Frihedsråd, Arne Sørensen, der i første omgang tog initiativ til anlæggelsen af Mindelunden.
Den 29. august 1945, på toårsdagen for overfaldet på øvelsesterrænet, blev kister og urner med 106 faldne samlet på ridebanen bag Christiansborg Slot og kørt gennem København og ud til genbegravelse i Ryvangen. Alle flag i byen stod på halv, og samtlige kirkeklokker bimlede.
Mindelunden blev indviet som begravelsesplads af Københavns biskop Hans Fuglsang-Damgaard. Selve genbegravelsen blev overværet af pårørende, kongehuset, repræsentanter for befrielsesregeringen og modstandsbevægelsen.
Arkitekt og professor Kaj Gottlob fik overdraget det kunstneriske ansvar for etableringen af Mindelunden, mens Gentofte Kommunes daværende stadsgartner, Axel Andersen, påtog sig opgaven med anlægget. Fem år efter krigens afslutning stod Mindelunden så færdiganlagt 5. maj 1950, med officiel indvielse af statsminister Hans Hedtoft.
Anlægget er siden blevet udvidet flere gange, først i 1977 med Henrettelsespladsen, og senest i 1990, hvor Pistolskydebanen kom til. Den oprindelige sektion med Det Store Gravfelt, Mindemuren og KZ-gravene står dog stadig stort set som ved indvielsen i 1950.
I den seneste tid er to nye mindesmærket samtidig blevet indviet. Det Store Gravfelt er derfor i dag flankeret af Krigssejlermindesmærket fra 2017 og Soldatermindesmærket fra 2019.
Film fra den 29. august 1945, genbegravelsen af de 106 i Mindelunden.